Bei mehreren Installationen von Thunderbird mit Lightning musste ich feststellen, dass nicht immer alle Daten korrekt synchronisiert werden. Daten die ich auf dem Smartphone erfasst habe sind in Lightning nicht zu sehen oder umgekehrt.
Ich habe daraufhin festgestellt, dass die einfache Option "Offline Support" angekreuzt ist bei den Kalendern. Nimmt man diese Option weg funktioniert auch die Synchronisation wieder sauber.